PDBsumを使うとまたいろいろなコンテンツが作れそう
昨日のエントリーに記したWikipedia記事からリンクされているPDB情報は,RCSB PDBのものではなくPDBsum (EMBL-EBI)のデータであることに今更ながら気付いた。
使い慣れたDBばかり使っていて,なかなか新しいものに手を出さないでいるといつの間にか変化の激しい世の中の流れに遅れてしまっているのが個人作業の限界かとも思う。
PDBsumは糖鎖情報も詳しいので早速,
のオリジナルデータPDB情報へのリンクをPDBsumに切り替えた。以下はその個別データ表示例である。
[a] 1f6aの表示例(部分)
□のLigandsの中に糖鎖情報も記載されているほか,□でPQS情報へもリンク
[b] 図aの糖鎖情報からNAG-NAG-MAN-FUCを選択した場合の表示例
□で近傍アミノ酸を含んだ糖鎖部分,□で糖鎖部分のみJmol形式で表示
[c] 図bの□をクリックしてJmol形式分子を表示