PDBsumを利用してやり残しの仕事の集大成？

昨日のエントリーを書いて以降，PDBsumを使っていろいろ遊んでいる。
まずはと言うことで，昨年末のエントリー，

• 今年の化合物」はビスフェノールAとPDBデータ2E2R（2007/12/16）

で紹介したコンテンツ，

• ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ（生活環境化学の部屋）

を大改造。

2e2r／Ligand 2OH（PDBsum）ページでJmolアイコンの上の□のマークをクリックすると…

ビスフェノールAとSITE部分がRasMol/Chime形式でDLまたは表示できる
※上の画像はChimeでの表示例で右下のMDLのマークがうれしい（注意事項参照）
そのSITE部分のデータを利用して作成したのが以下のアニメgifである。

2e2r／Ligand 2OH（PDBsum）のデータをJmol独自形式で表示例した例
「生活環境化学の部屋」サイトのChimeコンテンツからJmolコンテンツへの移植*1が済んでいないオオモノが，

• PDBデータのLigand結合部位　※IEでは閲覧不可（ChimeをインストールしたFirefoxで！）

である。これはHTMLの書き直しが大変であることと，SITE部分の選び方にいろいろ問題があったためなのであるが，後者の問題はPDBsum掲載のデータを使うことを共通項にすれば解決することになる。
なお，これまでのSITE情報とPDBsumのSITE情報では違いがあるという例が以下になる。

DESを含む3erdのSITE(PDBsum)（左）とSITE（右）の同時表示のアニメーション
タンパク質とリガンドの関係，つまり鍵穴と鍵の関係を視覚化するという作業の中で，有機概念図を利用したこともあって，こちらについても計算のし直しが必要になったと言える。

有機概念図で見る環境ホルモン関連分子(2)*2より
以上をまとめてみると，これまでの仕事の集大成に手をつけなければならなくなったような気がする

• タンパク質の鍵穴と鍵の関係を視覚化する上でのSITE情報コンテンツの整備
• 同コンテンツのgifアニメ化
• PDBsum形式データを利用しやすくするための秀丸マクロの作成*3
• 生体分子と低分子の相互作用を有機概念図

*1:2008/02/26の記事参照。

*2:2003年の日本環境化学会第12回討論会で発表。

*3:2008/02/26の記事中の論文に記したように，日本化学会第88春季年会（2008/03/26-30，立教大学池袋キャンパスほか）でその一部を報告予定。同年会については別ブログにも記載。