メタロドプシン
ロドプシンのPDBデータをいろいろチェックしていて,見落としていたことに気付いたのが右のアニメ画像のメタロドプシンII構造例1ln6。
以下の資料を見てわかるようにバクテリオロドプシンはさておき,all-trans -レチナールが入ったロドプシンのデータはなかなかないのだが,メタロドプシンがキーワードだったわけでNMR測定データなので水素原子まで示されるのがありがたい(ただしなぜかレチナールのH原子がいくつか欠落している)。11-cis -レチナールが入った暗順応時のウシロドプシン1jfpと対応する。
1jfp
- Molecule of the Month - Bacteriorhodopsin (RCSB PDB)
- チナール分子1個の動的観察に成功 −「ものが見える」仕組みの第一段階を単分子レベルで観察−(産総研,2007/07/02)
- 目はどうして色が分かるの?(キリヤ化学)
- モノはなぜ見える/レチナール,ビタミンA,カロチン(生活環境化学の部屋) ※
Chime版です(Jmol版を作成しました)。
メタロドプシンについては以下が参考になる。
ところでロドプシンと言えば膜貫通タンパク質である上に糖鎖を含むデータも多く,有用な教材と言える。
なお,膜貫通タンパク質関連で本ブログでも何回か紹介した以下のサイトのURLが変更になっていたので訂正させていただく。