Clefts情報で「鍵と鍵穴」をよりグラフィカルに

昨日記したPDBsumサイトで参照できるClefts情報（Binding-site(s)およびBinding-surface(s)），参照できる4種類のデータのうち，Binding-surface(s) - residue typeデータが，これまでのPDBsumのLigand-SITE情報のデータにドッキングするだけでおもしろい表現が可能になることがわかったので（この辺はPDB関連データを読む楽しさである），早速同ページにいくつかサンプルを追加した。以下はそのデータで作成した画像例である。

Cleftsデータを利用して作成した画像（上段のsurfaceはamino色，下段は酸性・中性・塩基性区別）
〔左〕GS4071（タミフル由来）を含む3cl0（Clefts）とSITE部分
〔右〕ザナミビルを含む3ckz（Clefts）とSITE部分
※PDBsumのLigand-SITE情報およびインフルエンザ情報参照

GS4071が結合した3cl0のSITE部分とCleftsデータ
リガンドが入り込んでいる空隙がかなり広かったり，他にも広い空隙あるいは接合可能表面があることなどがClefts元データで視覚的ににわかり，「鍵と鍵穴」の関係から創薬することの難しさが実感できる面もある。