1538個のPDBデータ，足したり引いたり
しばらく前に以下のサイトの存在を知った。名前の通り，WikipediaのPDB版とも言えるもので，PDB IDを入れれば（現在 56,000 件以上），Jmol形式のモデルやPubMed情報などが表示される。キーワード検索もできるので生体分子の学習に便利である。
構造データとしては，PDBオリジナルデータから『何も足さない、何も引かない』（某ウイスキーの宣伝コピー…）ものが表示される。以下の例ではほとんど同じ構造のA鎖・B鎖が示される。
Proteopediaの表示例1el7 *1
一方，私のサイトでは，同じ構造のChainが複数含まれる場合は1つだけにして構造を見やすくしたり（もちろんペア構造等が重要な場合も少なくないが），逆にPQSの対称的な複合構造を取得したりして提示する場合もある。つまり『足したり引いたり』である。上図に示したデータをA鎖だけにしたものは以下に掲載している。
1el7ののChain A（●がTe）
また足した例としては以下を示そう。昨日データ漁りをしていて，ベンゼン環に見えたものを示したものである。
PDBデータ3dxrのPQSによる6量体（Chain A・B×3）
これらの例のように，データはあちこちに散在しているのであるが，Chime版ながらその大多数を収載しているのが以下のページである。冒頭のProteopediaには遠く及ばないが，現在『足したり引いたり』した1538データを収録しているおり，ボタンで多彩な表示ができるので教材としてご利用いただきたい。腕に覚えにある方にJmol利用のwiki版にしていただけるとありがたいのだけれど。
*1:がっちりマンデー「儲かる元素2」（TBS，2009/02/15）で取り上げられたTe（テルル）を含むPDBデータとして選んだもの。番組で紹介されたDVDやブルーレイディスクの塗布剤としての用途に関しては例えば以下を参照。
・SPring-8産業利用の現状と展望 [PDF]
