理研のインフルエンザ関連DBから突然変異の教材

2006/01/22の続き。しばらく同DBに繋がりにくかったが，今はもう大丈夫。圧縮した1603個の立体構造データを一括ダウンロードできるのだから太っ腹。高性能のシステムを使ったにしてもかなりの時間がかかったことだろう。
とりあえず，H5N1型データだけ入手し，

• ノイラミニダーゼ立体構造予測データベース（理研）のデータより ｜ Chime版（要・Chimeインストール）

に国内で見つかったもの6件を追加した。また，そのFasta Sequenceから，自作秀丸マクロで以下のコンテンツを作成。

• 理研NSDBデータのアミノ酸配列／H5N1タイプから

作業をしながら改めてマクロの便利さを感じる。なお，同ページでカラー表示したアミノ酸配列を眺めていると，突然変異の実態を垣間見せられるような気がする。私たち人間を含めたすべての生物はこのような経路を通して誕生し，今も変化し続けているのだろう。
また以下は7データについての疎水性インデックス値のグラフである。

ついでに今日出されたインフルエンザ関連のニュースから（適宜追加）。

• インフルエンザウイルス：８種１組遺伝子の動き解明（毎日，2006/01/26）
  • 医学 : インフルエンザウイルスの内部構造が明らかに（Nature，2006/01/26） …利用登録必要
  • インフルエンザウイルスの仕組み解明　東大のグループ（朝日，2006/01/26） …写真あり
  • Scientists solve puzzle of flu virus replication（Reuters，2006/01/25） …写真あり

東京大学医科学研究所の野田岳志特任助手と河岡義裕教授らによる研究で，以下のサイトトップページでは，いくつかの種類のウイルスを題材にしたアニメーションを見ることができる。

• 東京大学医科学研究所／ウイルス感染分野

河岡先生の著書については2005/11/01の日記で紹介させてもらった。