タンパク質の二次構造を予測するまでの道のりは遠い

2006/05/07の，

• 池原健二，「GADV仮説−生命起源を問い直す」，京都大学学術出版会(2006)

を読んで以来，p.41図9のα-ヘリックス形成アミノ酸とβ-シート形成アミノ酸の区別を自作コンテンツで表示することを課題にしていたが，以下の出ていたコンホメーション選択性の元データを元に実現してみた。

• G.A.Petsko・D.Ringe 著，横山茂之 監訳，宮島郁子 訳，「カラー図説　タンパク質の構造と機能 ─ゲノム時代のアプローチ」，p.18，メディカル・サイエンス・インターナショナル(2005) …bk1情報

例によってアミノ酸配列データから色分けの表を作成する秀丸マクロを作成し，Jmol版データ集の一部でも同じ色で着色表示できるようにした。上の画像はその成果。

• １文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロ；末尾のマクロ参照
  • アミノ酸のコンホメーション選択性（コドンと遺伝暗号表）
• 生体分子の構成元素（Jmol版）

個々のアミノ酸のα-ヘリックス・β-シート形成能だけでなく，その連なり方など複雑な要因で実際の二次構造が決まるので，こんな単純な方法では不十分だが，まずは第一歩ということで。

	αヘリックス	βストランド
Glu	1.59	0.52
Ala	1.41	0.72
Leu	1.34	1.22
Met	1.30	1.14
Gln	1.27	0.98
Lys	1.23	0.69
Arg	1.21	0.84
His	1.05	0.80
Val	0.90	1.87
Ile	1.09	1.67
Tyr	0.74	1.45
Cys	0.66	1.40
Trp	1.02	1.35
Phe	1.16	1.33
Thr	0.76	1.17
Gly	0.43	0.58
Asn	0.76	0.48
Pro	0.34	0.31
Ser	0.57	0.96
Asp	0.99	0.39