PDBデータ仕様変更に向けて対策開始
2007/05/23に続けて自作コンテンツの楽屋裏話で，2007/07/01の本格的PDBデータフォーマット変更に向けて少し検討したので経過報告。別の締め切り仕事に追われつつの作業になっている。
にあるように，すでに変更フォーマット案も公開されているし，旧フォーマットも引き続きDLできるらしい。私にとって一番気になるのが，データサイズを小さくするための，
- PDBデータのサイズを小さくするマクロ（自作秀丸マクロ）
を変更しなければならないか否かというところなのだが，数データについて試したところ大丈夫のようで少しホッとしている。
個別PDBデータは，
PDBデータ246dについて現在PDBjでDLできるデータの種類
なお，上図にあるようにPDBデータは拡張子がentである上に（内容はpdbと同じ），gz形式で圧縮されているため，解凍ソフトを入手してまず解凍する必要がある。
次にJmolスクリプトでデータの表示形式を変更できるようにする上で，冒頭の修正プロジェクトに記載されている，“デオキシリボヌクレオチドは DA, DC, DG, DT, DIと表記し，リボヌクレオチドはこれまでどおりA, C, G, T, Iと表記”というところが最初の課題であるがこれも，単純なHTMLの書き換えでどうにか対応できそう。以下がその成果例だが，その他の規格変更ともあわせ新旧両フォーマットに対応できるようにしていく必要があるだろう。なかなか手間のかかる作業になるが，まずは方向性うが見えて一安心というところ。
新形式のPDBデータ例246d（DNA）について新旧Jmolスクリプトによる表示の比較
〔左〕Jmol標準の原子色，〔中〕旧HTMLでのDNAのATGC色分け表示（誤表示），〔右〕同修正HTML（正しく表示）
※トップ小画像も同データについて正しく表示された例
