タンパク質の複合体構造を復元してくれるPQS

生体分子 書籍

昨日ネット書店から届いた本の中から。タイトルからして私向けの本であるが，紹介されていたデータベースの１つにまずはチャレンジしてみた。
バイオテクノロジージャーナル (Vol.6No.4(2006-7-8))

で解説されていた，


PQS（Protein Quaternary Structure）

は，本来は多量体が基本構造になるべき（あるいはその逆）PDBの構造データについて，ある方法論とアルゴリズムでその構造を構築してくれるという優れものである。もちろん，元のPDBデータの座標データの求め方に左右されていることに充分注意が必要なことにも言及されている。
PDB IDを入れるだけで，想定される複合体（場合によっては複数の候補）をRasmolやJmol形式などで示してくれるので，保存して利用することも可能である。
それで，以前作成した，

で，参考にした文献には対称構造をもつ多量体で図示されているのにPDBデータには一部しか収録していなかったものについてPQSで補填して作成したのが以下になる。上掲書の他のツールを含め，これでまたしばらく遊べそうである。