カスガマイシンとリボソームの一日

先日の理研のニュースリリース，

• 抗生物質カスガマイシンのタンパク質合成阻害機構を解明　- 超分子複合体のX線結晶構造解析 -（理研，2006/09/23）

の巨大分子をRCSB PDBに探しに行ったらその日はまだ未公開だった。PDBでは週１回の最新データ公開をRSSでも発信してるので，もしかしたらと思ったら運よく2006/09/26付けで当該2hhhが公開されていることがわかった。
で，そのデータを基に作成したのが以下のアニメ画像。バックボーン表示での空間充填表示2分子がカスガマイシンである。

カスガマイシンとリボソームとの主要な相互作用が従来考えられていたものと異なるというのが理研の研究成果であるが，従来の作用機序については以下に詳しい。

• タンパク質の生合成（福岡大学大学院理学研究科化学専攻機能生物化学研究室）

リボソームはmRNAの情報に基づいてタンパク質を合成する装置であり，上の資料などのようによくお正月の鏡のような二段重ね構造で示される。その合成の様子をアニメーションで示した例が以下になる。下の画像例には複数のリボソームが示されている。

• RNAi Animation（Nature，日本語版）
  • 別版（静止画像・解説文を同時表示）

この辺については，理研によるPDBデータの一部を参照できる以下もご覧いただきたい。

• コドンと遺伝暗号表

なお，上述2006/09/26公開のPDBの中にはいつもと比べてリボソームが多いのにちょっと驚いた。中には，理研ほかの研究グループとは別のグループによる1vs5，1vs7もカスガマイシンの作用を示すデータとして含まれている。