理研のタンパク質立体構造予測データベース

理研から一昨日公表されたタンパク質立体構造予測データベースの紹介。

• RIKEN FAMSBASE（最初に“Academic License Agreement”をクリックして利用） ｜ Attached papers (Japanese) [PDF]　…上の画像はこの資料中の重ね合わせデータ例
  • タンパク質立体構造予測データベースを全世界に公開　- 創薬研究の活性化や新規機能性生体物質の創製に向けて -（理研，2006/09/28）

このブログでも生体分子の立体構造の重要性や美しさをたびたび取り上げているが，膨大なデータが公開されたことで，今後いろいろなコンテンツ作成が可能になる。
DLしたデータをいろいろな形式で表示するためのHTMLについては，公開済みのChime版（Firefox＋Chime利用者はPDBデータを詳細に見るためにを参照；Chain選択を追加したい場合は例えばA鎖であれば“select :A”というスクリプトを用いる）はFirefoxなら利用可能であるがIEでは問題があり，今後Jmol版を作成して公開したいと考えている。ただし，こちらもHTML，FAMSBASEから得たPDB形式データ，それに必要なJmolアプレットを同じフォルダにおいて実行する必要があるので少し厄介である。
以下が自作Chime用HTMLで作成した画像例である。

データの詳細
なお，理研のプレスリリースにある先行公開されていたノイラミニダーゼDBについては，本ブログの2006/01/20，2006/01/22，2006/01/26で触れている。