科学とアート

来週の連休はお台場のサイエンスアゴラへ行こう!

2009/08/13に予告を書いて以来,続報が遅れましたが全体プログラムもDLできるようになりました。 サイエンスアゴラ2009(2009/10/31-11/03,国際研究交流大学村) サイエンスアゴラ2009 プログラム [PDF] 参考:Twitterにおけるサイエンスアゴラ2009情報(ハ…

twitter時代の2009年ノーベル賞

前回のエントリー(2009/09/27) *1からなんと3週間以上間が空いてしまった。 トップのリンクに [NEW!] を付け,サイドにロゴを置いたままtwitterにしばらく旅に出てしまったような感じである。今話題のツイッター本2冊(続々登場の流れ), のうち,写真左…

PDB今月の分子と新ツールKiosk Viewer

月始めの水曜日,RCSB PDBに新規データと今月の分子のチェックに行ったところ,以下のニュース。任意のPDBデータをフルスクリーンのアーティスティックなアニメーションで見せてくれるツールの登場である。イベントのプレゼンテーションに使えそうだ。 Turn …

重力の重い存在と8/8のサイエンスカフェにいがた

今朝の朝日新聞科学欄に『見えない世界に潜む美 これって科学? それとも アート?』という記事があり,何枚かの写真が出ていた中に,2009/07/31ほかで紹介した若田光一さんが国際宇宙ステーション(ISS)の実験棟「きぼう」で行ったタンパク質結晶化と関係…

PDB今月の分子はβ-セクレターゼ

昨日公開されました。β-セクレターゼはアルツハイマー病のニュースなどにしばしば登場しますが,Wikipedia英語版には記事があるものの日本語版にはまだありません。 Molecule of the Month(PDB,2009/07),beta-Secretase|β-セクレターゼ(PDBj) アルツ…

PDB今月の分子ヴォールト(ボルト)ほか

昨日新規データチェックのためにRCSB PDBに行ったら今月の分子が更新されていた。2009/01/16にも取り上げたヴォールト(ボルト)である。 ヴォールトの部分構造(First entry, chain A-M)2zuo;再掲※トピックス分子(生活環境化学の部屋)に構造掲載 Molecu…

昨日のクラゲ&GFP講演会と今日作成した分子画像データ

一昨日に記した講演会は参加者が100人に達していなかったようで,最新の話題をもっと多くの方に聴いてほしかったと感じた。サイエンスカフェにいがたのスタッフが2人来ていたのはさすがというところ。 市民公開講座「クラゲの光からのレッスン―GFPと生命科学…

一昨日公開のPDB新規データから:今日も蝶ネクタイ

RCSB PDBの定例新規データチェックから。同サイトのデザインが一新され,洗練した感じになりました。 Release of new design, features, and functionality(RCSB PDB,2009/05/26) 新デザインでのデータ表示例3d90※レボノルゲストレル(合成プロゲステロン…

1Q84が一番有名なPDBデータになるか?

新刊をチェックしていて,発刊前の本が大変な話題になっていることに気付きました。そのタイトルを見た瞬間にPDB IDだと思ってしまったのですから因果なものです。出る前にもはや増刷になっているなど,Google検索でその本のことがたくさん出てきます。 Goog…

昨日公開のPDBデータから:T4ファージの星型部品など

RCSB PDBの定例新規データチェックから。 まずは標題のバクテリオファージT4の部品gp6。スター型の3h3yとドーム型の3h3wが同時公開された。 スター型の3h3y※対称形生体分子データ集で参照可能(Chime版コンテンツも参照) 研究グループのMichael Rossmann氏…

阻害剤KNI-272が結合したHIV-1プロテアーゼの中性子結晶構造解析

数日前に以下のニュースを読んで以来,PDBデータ2zyeおよびそのPDBsumデータと格闘してどうにかあれこれ画像を作成することができた。 HIV:増殖させるたんぱく質、中性子線で構造解明−−原子力機構や京都薬科大(毎日,2009/05/11) 日本原子力研究開発機構…

p53分子画像が全国放送に

先週記した番組が本日放映され,オープニングとがんの話のところでp53の分子モデル回転画像が数秒登場して画面右上隅には「生活環境化学の部屋」のクレジット表示。 テレビ朝日「大人のソナタ|第2回 恋は体に良いって本当?」 オリジナルのGIFアニメは以下…

PDB今月の分子はインフルエンザのノイラミニダーゼ

定例のRCSB PDBの新規データチェック,月始めなのでMolecule of the Monthも更新で,時機に合わせてインフルエンザ関連データがピックアップされていた。日本語版の今月の分子(PDBj)の更新は明日以降か。 Molecule of the Month(2009/05) - Influenza Ne…

GWもあと1日となったこどもの日に

今年のGWは自宅で仕事三昧。別ブログ(2009/04/18)に書いたように先月米沢に行って満開の桜を見てきたのがよい充電の機会になった。詳しい報告はまた後日として,以下は友人O君が送ってくれた写真の中から上杉公園のお堀の桜。学生時代の通学路だったと思う…

PDB新規データチェックとゲルダナマイシン結合Hsp90

毎週木曜日課でRCSB PDBの2009/04/21付け新規公開データをチェックして1データを追加(3cugをChime版データ集に)。 これとは別に先週公開された2weqが画像では2量体なのに単量体だったものを,PQSで確認したら計算による2量体がすでに出ていたので早速PQSデ…

平山令明「分子レベルで見た薬の働き」と新Web辞書kotobank

しばらく前に頼んでおいた本が先日届いた。 この中で, 平山令明,「分子レベルで見た薬の働き 第2版」,講談社ブルーバックス(2009) は薬とタンパク質の鍵と鍵穴の関係例が最新事例を含めて多数画像で紹介されており,該当のPDBコード番号も記載されている…

1538個のPDBデータ,足したり引いたり

しばらく前に以下のサイトの存在を知った。名前の通り,WikipediaのPDB版とも言えるもので,PDB IDを入れれば(現在 56,000 件以上),Jmol形式のモデルやPubMed情報などが表示される。キーワード検索もできるので生体分子の学習に便利である。 Proteopedia …

20歳になったWebとMaps of Science

書き込みが遅くなったが,3月13日はWebが20歳になった記念日だったとのこと。 WWWの二十歳の誕生日(5号館のつぶやき,) 発信箱:WWWの20年=元村有希子(毎日新聞,2009/03/07) Happy 20th Birthday, World Wide Web(Scientific American) 地球上に生…

燃料電池の先をゆくタンパク質(PDBjの「今月の分子」)

2009/02/04に記したようにPDBjで先月から同時和訳を開始してくれた今月の分子,2月のダーウィンの話題に続く今回は一転最先端の燃料電池にも関係するタンパク質の話題。2009/01/05ほかに記した光合成で生じる電子や正孔,今回のヒドロゲナーゼ内で生成する水…

タンパク質の「鍵と鍵穴」の鍵穴としてのクレフト

2009/02/25以降取り組み始めたタンパク質のClefts情報,日本語でもクレフトで定着していることにようやく気付く。これまでCASTp情報にこだわっていたこともあるが,この辺が独学の切なさというところ。 Googleによる“タンパク質 クレフト”検索結果 クレフト…

爆問学問で脳と水分子とアクアポリンの話題

一昨日放映の番組,3月9日にも再放送される予定なのでご案内させていただきます。同番組ページには出演者やスタッフの撮影後の後日談が掲載されるのでそれもお勧めである。 爆笑問題のニッポンの教養 | FILE064:「こころは水で作られる!?」 | 中田力(NHK…

福岡伸一さんの新刊「動的平衡」を読み終えて

福岡さんの著書にたびたび出てくる“動的平衡”“動的平衡”に触発されて作成した右のアニメ画像も掲載は3回目になる。その動的平衡をタイトルにした本を読み終えた。 福岡伸一,「動的平衡 生命はなぜそこに宿るのか」,p.115,木楽舎(2009) 参考(著者ブログ記…

シアル酸と鳥インフルエンザ発生のニュース

一昨日の記事を書いた後,夜中にシアル酸のデータを作らなかったことに気付いて昨日データ作成し,画像も差し替えた。 鳥インフルエンザ&新型インフルエンザ情報 参考:Googleによる“シアル酸 インフルエンザ”検索結果 Ligand-SITE情報データにCleftsデータ…

Clefts情報で「鍵と鍵穴」をよりグラフィカルに

昨日記したPDBsumサイトで参照できるClefts情報(Binding-site(s)およびBinding-surface(s)),参照できる4種類のデータのうち,Binding-surface(s) - residue typeデータが,これまでのPDBsumのLigand-SITE情報のデータにドッキングするだけでおもしろい表…

RCSB PDBのアート絡みのニュースからアプリロニンAへ

RCSB PDBの最新ニュースは教育ネタ特集で,本ブログでもよく取り上げるグッドセルさんのポスターの絵柄が入っている。 RCSB PDB Newsletter | Tools for Education(2009/02/10) その記事の中にあったFlash教材は海生生物から得られている有用な生体分子の…

木と森と森の歴史を見よう(ダーウィン生誕200年に)

今日はダーウィンの200回目の誕生日です。2008/03/30には科博で開かれていたダーウィン展*1を見に行ったことを記したが,今日は読み終えたばかりの以下の本からヒントを得て。 栃内 新,「進化から見た病気 「ダーウィン医学」のすすめ」,講談社ブルーバッ…

ダーウィンとオーキシン(PDBjの「今月の分子」)

水曜日恒例のRCSB PDBの今週の新規データと月初めに出る, Molecule of the Month の定期チェックをしていて突然気付いたのが,上記ページの日本語版がPDBjから広報されるようになっていたこと。昨年4月からやっていたようで誰も教えてくれなかったのが悲し…

ペプチド核酸(PNA)と三重らせん

ここ数日来今進めている仕事のために久々にJmolスクリプトと格闘(コンテンツとしては非公開)。これでいいはずなのに目的の表示ができないことが多々あってすっかり頭の体操状態である。 その最中にも最近のニュースに気配りし,今日は以下の雑誌記事に刺激…

巨大タンパク質ボルト(vault)の立体構造解明

大型放射光施設スプリング8による高等生物内巨大タンパク質ボルトの構造決定の成功について(プレスリリース)(SPring-8,2009/01/16) ネット記事例:最大のたんぱく質の構造解明 感染症・がん新薬に期待(朝日,2009/01/16) プレスリリースには“ラグビ…

バクテリオファージT4が持つ風車

本日のRCSB PDB新規データチェックでコンテンツに加えたものから。PDBデータはα炭素だけだが5角形の風車のような構造の表示をいろいろ変えてお楽しみいただきたい。 バクテリオファージT4の分子モーター3ezk→ データ掲載ページ 参考ページ例 T4ファージのgp5…