科学とアート
ちょっとタイトルに凝ってみました。このブログの愛読者やバイオデータベースにお詳しい方は解読可能かと思いますがいかがでしょう。きっかけは今日出されたデータ。 Molecule of the Month（PDB，2009/01），Tobacco Mosaic Virus（タバコモザイクウイルス…
うっかりしていたが今年の年賀画像をブログにはアップし忘れていたので松の内に掲載します。 メインの画像は干支にちなんでウシのロドプシンにしたが*1，元旦の文春のことがわかっていればGFPにしたところ。 そう思って仕事始めに職場に行くと部屋には以下の…
あけましておめでとうございます。新年早々うれしいことがあったので紹介させていただきます。 今朝目覚めて寝床の周囲に散乱している本の中から， 「週刊文春」2009年1月1日・8日新年特大号 を読んでいたら，なんと， 本間善夫・川端 潤，「パソコンで見る…
RCSB PDBの2008年年間報告書が出された。いつもながら多数の画像とともにトピックスや統計データが示され，その画像だけでも楽しくなってしまう。 2008 Annual Report（RCSB PDB，2008/12/16） FTP Downloads from the wwPDB in 2007. Image created using G…
今朝の朝日新聞の画像入り科学ニュース，数日前の新聞各紙Web版に掲載されていたが写真入りはなくてがっかりしていたが，海外ニュースには同様な画像が載っていた。 植物の成長ホルモンの働きを解明、奈良の大学教授ら（朝日，2008/11/27） → Gibberellin-in…
以下でダウンロードできます。カラー6頁4.7MBと大きなファイルですのでご注意ください。 サイエンスアゴラ2008 - ダウンロード パンフレット中の「分子の世界をアートとエコロジーから見る」の案内 わたしたちの分子企画のタイトルにある“アート”に合わせて…
日本人（ただしアメリカの国籍をとっている方が2名）*1の受賞もあって，ニュースやワイドショーで盛んに取り上げられています。自作ページのあちこちに書いたことをまとめてみました。 分子モデルで見るノーベル賞 ノーベル化学賞に海洋生物学者の下村脩さん…
2008/09/07に記した研究室のオープンキャンパスの予定が決まり，ポスターを作成。 研究室公開（各回先着10名，仮設校舎2棟207号室） 2008/09/27：学会出張で不在のためバーチャル版のみ 2008/10/04：11:15〜12:00，15:15〜16:00の2回 2008/10/13：11:15〜12:…
別ブログ（2008/09/03）に記したように，職場が2009年4月から新潟県立大学（設置認可申請中）に衣替えする見通しで，オープンキャンパス（9/27,10/4,10/13）についても公表された。 例えば2008/07/27などに書いたように，Webサイト「生活環境化学の部屋」の…
またもSPYSEEの話題。タグ「サイエンスコミュニケーション」の登録者数がどんどん増えて本日16時時点で644人の大所帯となり，なんと全タグの中で3位，堂々の銅メダルである。 SPYSEEタグ登録者数ベスト12（2008/08/16，16:00時点） これでサイエンスコミュニ…
2008/08/04の朝日新聞の教育欄に，以下の記事。京都精華大（マンガ），東海大（水族館），東京農業大（食と農），秋田大（地下資源）が紹介されている。 大学博物館で「遊ぶ」夏 このブログのタイトルのこども達に是非地元の大学の施設公開やイベントに是非…
職場の居場所がプレハブに引っ越すことになって連日荷造りで仕事にならず，昨日のPDB新規公開データのチェックもサボってしまった。ただし，楽しみにしていたグッドセルさんのイラストによる「今月の分子」はしっかり確認。今回は耳慣れないタンパク質だけれ…
2008/07/25に記したようにPDBデータの多くで水素分子や多重結合が表示できないことのデメリットが，二重結合と単結合が繰り返される共役系の認識ができないことである*1。ある分子が有色になるにはいくつかの要件があるが，その代表例が長い共役系をもつこと…
生体分子の立体構造を見る際に気をつけなければならないのが，PDBデータの多くには水素原子が含まれていないこと*1。その場合，水素結合にも水素が登場しないことになるし，以下のような「結合の手の数」や「“く”の字」の話も想像で補うしかない。 結合の手…
2008/07/15に記した「分子のかたち展」の様子が気になっているが，昨日開かれたはずの， 第33回サイエンス・カフェ札幌「描き、つくる「分子のかたち」〜科学とアートが出会うとき〜」（CoSTEP） の報告を探したところ，以下のブログ記事があった。偶然だっ…
PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性 に標題のような内容を追加し，同コンテンツの利用方法をよりわかりやすくした。身近な分子についてデータの追加作業を継続していることと合わせて，生体分子のおもしろさをさらに理解してもらえるようになったと思…
遠く札幌の地でいよいよ今日から始まっているはずです。 北大総合博物館2008年夏の企画展「分子のかたち ─サイエンス×アート」（2008/07/15-09/28） 昨夜も主催者のKさんから追い込み中というメールが届きましたが，初日の出足はどうだったでしょうか。 分子…
昨日から7月。15日から本番が始まるイベントの案内が会場のサイトにも数日前に掲載された。 北海道大学総合博物館 北大総合博物館2008年夏の企画展「分子のかたち ─サイエンス×アート」 アーティストの作品も出揃ったはずで，展示を見に行くのが楽しみである…
昨日に続いて，GoogleマイマップデータのGoogle Earth化の話題。 2008/04/10に記した，以前の紀行データに最近のデータを追加し，GoogleマップおよびGoogle Earthに表示させてみた。 大きな地図で見る（表示後「Google Earth で表示」クリックでGoogle Earth…
日本コンピュータ化学会2008春季年会の要旨がPDFで読めるようになり，2008/05/25に記した学会賞受賞の講演要旨も公開された。 学会賞受賞講演「インターネットを利用して分子を学んでもらう試み」[PDF]※参考：学会参加記録 同学会は春・秋の2回年会が開かれ…
【お知らせ】science agora 2008（SciencePortal担当です。，2008/06/04） で11月に開催されるサイエンスアゴラ2008のホームページ開設を知る。 サイエンスアゴラ2008 ｜ 事務局ブログ さて3回目となる今年はどのような形で参加できるだろうか。3日前のエン…
ワークショップ・アーカイブス（分子のかたち wiki） 5月31日：本間善夫（Webサイト生活環境化学の部屋主宰）「分子から生命へ - 生体高分子のお話し」 「北大総合博物館 分子のかたち展」参加の記録 参加者は前回より少なかったが，幅広く中身の濃い話がで…
いよいよ公式サイトが公開され，夏の本番に向けて発進である。 北大総合博物館2008年夏の企画展「分子のかたち ─サイエンス×アート」 会期：2008年7月15日(火) ― 9月28日(日) 会場：北海道大学総合博物館 １階 知の統合コーナー、他 コンテンツ例：かたちっ…
この8日に物理学者の伏見康治さんが亡くなられた。 訃報：伏見康治さん98歳＝原子力の平和利用に尽力（毎日新聞，2008/05/09） 伏見康治氏が死去 元学術会議会長、参院議員（西日本新聞，2008/05/09） 西日本新聞“54年には政府・自民党が原子炉建造予算を打…
新型インフルエンザへの対策と言えばまずはタミフル備蓄。 ニュース例：タミフル、使用期限の延長求める・備蓄維持へ中外製薬（日経，2008/04/17） その作用機序は，以下の図で示されます。 GS4071（オセルタミビル〔タミフル〕が血液・肝臓中で変化）を含む…
ロドプシンのPDBデータをいろいろチェックしていて，見落としていたことに気付いたのが右のアニメ画像のメタロドプシンII構造例1ln6。 以下の資料を見てわかるようにバクテリオロドプシンはさておき，all-trans -レチナールが入ったロドプシンのデータはなか…
ビールでぬか漬けもどき・補足（KASOKEN satellite，2008/04/25） を目にして読まなくてはと思っていたマンガ，今日になって大ニュース。ブログ著者の内田さんの選球眼である。 第12回手塚治虫文化賞 マンガ大賞に「もやしもん」（朝日，2007/05/10） 石川雅…
昨日に続いてRCSB PDB収録のデータの話題。一昨日公開のデータの中で目に付いたのが二本鎖RNAを含むデータで，以下に [NEW!] の印をつけて転載した。 DNAとRNAのいろいろな姿 その中でも二本鎖RNA（dsRNA）とトール様受容体TLR3の複合体3ciyは下とトップのア…
今日公開された101回目のPDB今月の分子は， Molecule of the Month - Prions（PDB，2008/05） 参考（ニュースレターにはイラストを描いているGoodsell氏の記事）：RCSB PDB Newsletter | Spring 2008 と，つい先日のエントリー， BSEとプリオンの話題＆本ブ…
RCSB PDBにアメリカでは生体分子がアートとして定着していることを改めて教えてくれるニュース。 Princeton High School Wins New Jersey Science Olympiad Protein Modeling State Finals（2008/04/29） Protein Modeling: NJ Science Olympiad Trial Event…
