生体分子の立体構造を見る際に気をつけなければならないのが，PDBデータの多くには水素原子が含まれていないこと*1。その場合，水素結合にも水素が登場しないことになるし，以下のような「結合の手の数」や「“く”の字」の話も想像で補うしかない。 結合の手…