タンパク質の「鍵と鍵穴」の鍵穴としてのクレフト

2009/02/25以降取り組み始めたタンパク質のClefts情報,日本語でもクレフトで定着していることにようやく気付く。これまでCASTp情報にこだわっていたこともあるが,この辺が独学の切なさというところ。

クレフトという語を用いている研究報告があるので紹介しよう。2009/02/15で取り上げた新規抗がん剤候補アプリロニンAに関するものである。


上記レポートのキーワード強調表示(「クレフト(溝)」という表現がある)

アプリロニンAのマクロライド環につながっている炭素鎖の尾部ががん細胞のアクチンタンパク質の疎水性クレフトにはまり込んでいるという説明をCleftsデータで視覚化することができた。

アプリロニンAを含む1wua(Clefts;Binding-surface 2)
PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性でデータ参照可