久々にSARS関連データを探してみたら（CASTpからCleftsへ）
今日はオバマ大統領初の議会演説もあったので，
に載せるネタを探していたら10日ほど前に以下のようなニュースがあった。
SARSウイルス発見前後の情報の流れのすごさに翻弄された記憶があるが，構造解明されたプロテアーゼについてはいろいろ調べたりしてその形状が忘れられない。
その記録のためとSARS抗ウイルス薬誕生を見守るために2009/02/05にも記したCASTpデータを利用し，以下のようなコンテンツを公開している。
で，RCSB PDBで，SARSウイルス由来データに阻害剤が入り込んだものを探し，その例として2zu4を選んで作成したのが以下の図である。
〔左〕CASTpから得た1p9sB鎖のPocket例（旧前データ）
〔中〕阻害剤モデル分子例TG-0204998が結合した2zu4（構造データ掲載ページ）
〔左〕2zu4のCleftsデータより（CASTpとは異なるタンパク質内空隙データ）
上図で一番左に示したのは，中央の阻害剤例TG-0204998のSITE部分，
を作成するためにPDBsumの2zu4_ZU3ページを見ていたら，CASTp類似のClefts情報が掲載されているのに気付いたものである。まだ解説ページもできていないようだが，以前からあったものなのかどうか。Jmol，Chimeの双方でデータを参照できるので便利である。ただし前出2009/02/05の記事（キャップスナッチングの話題）で取り上げた2w69など，まだCleftsデータが示されていないものも多いことにご注意いただきたい。
中段の表は各空隙を形成するアミノ酸残基の種類別集計（Positive，Negative，Aromaticなど）
いろいろ使い道のありそうなデータである。
