PDBsum収録データの水素結合情報活用

生体分子 分子の形 科学とアート

このところたびたびPDBsumに関するエントリーを書いているが，同DBのリガンドとそのSITEを抜き出したデータには，水素結合を…で図示するための座標データや水素結合距離，その表示のためのスクリプトが書き込まれている。-水素結合を…で示すための座標データ例（1hggのLigand GAL-GLC-SIAより；各行の座標データの後は自作秀丸マクロで削除）

    HETATM 154 A HB 1 -3.491 70.559 23.344
    HETATM 155 B HB 1 -3.983 70.913 23.059
    HETATM 156 C HB 1 -4.474 71.267 22.775
    HETATM 157 D HB 1 -4.966 71.622 22.490
    HETATM 158 E HB 1 -5.458 71.976 22.206
    TER
このように5つのHETATMで1つの水素結合を示しているため，そのままJmolで表示するとリガンドと同様に球で表示されてしまう。これまでは削除していたのだが，スクリプトを工夫して（今後も改良が必要），以下のページではいくつかについてその表示を可能にした。当該データには$を付しているのでお試しを。


糖タンパク質データ集でのgifアニメ作例（1hggのLigand GAL-GLC-SIA）