…生活環境化学の部屋 有機概念図 Toll様受容体 生命を知り生命に学ぶ また，特集以外にも「化学と工業」2012年2月号には興味深い記事があってTwitterでの発言も多かったので，以下にまとめてみました。 日本化学会『化学と工業』2012年2月号の話題 - Togetter 分子をいろいろな観点から見ることで，そのおもしろさを多くの方々に知っていただきたいと願っています。 ※追記（2012/03/03） 佐藤健太郎さんの『時代を画した「美しい分子」』のPDFも公開されました…

…a 神経ガスその他の有機概念図 上に神経ガスを有機概念図上にプロットしたものを示したが，昨年出した以下の本の本間担当部分では環境ホルモンや化学物質過敏症を中心に書き足したものの，神経ガス関連については盛り込めず，今になって残念に思っている。 甲田善生・佐藤四郎・本間善夫，「新版 有機概念図 基礎と応用」，三共出版(2008) なお，有機概念図については考案者の藤田 穆先生が在籍された熊本大学の下記サイトでも紹介されている。私のページにも以前からリンクしていただいていたのだが，…

…・本間善夫，「新版 有機概念図 基礎と応用」，三共出版(2008) が公立図書館に続いて大学図書館に入り始めた。税込み4200円ということで個人よりも図書館や研究室が頼み。 所蔵図書館マップ※参考：Webcat Plus情報 記念画像はインフルエンザ薬のタミフル（リン酸オセルタミビル）が体内で変化した有効成分GS4071が結合したインフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ（NA；N1〜N9がある。鳥インフルエンザ＆新型インフルエンザ情報参照）の結合部分。 〔左〕2qwk（N9）…

…・本間善夫，「新版 有機概念図 基礎と応用」，三共出版(2008) 発刊 ＊ ◆サイエンスカフェにいがた 2008年の記録 第６回カフェ『雪と氷の不思議な魅力』（2008/01/26） 第７回カフェ『鳥インフルエンザ問題から見直す，人と野鳥のより良い関係』（2008/02/09） 第８回カフェ『新潟市の交通と環境を考える』（2008/03/23） 第９回カフェ『炭素という奇跡 〜有機化合物の織りなす身近で不思議な世界〜』（2008/04/19） 第10回カフェ『新潟市のごみは…

…発がん性化合物と生体分子（Jmol版）参照 参考：発がん性化合物例の有機概念図上における分布（1がBaP，2がその代謝物例）※有機概念図参照 なお，RCSB PDB収録データでBaP関連物質はDNAへの結合構造が主だが，1つだけBaP誘導体がタンパク質に結合した計算データがあったので以下に掲載する。 PDBsumデータ1em4より作成 有害な人工化学物質の生命への世界への影響がすでに取り返しのつかない状況になっていることを，以上のような情報が示唆しているように思えてならない。

大学図書館・国公立図書館への書籍の所蔵状況をGoogleマップで示してくれる， 所蔵図書館マップ にようやく「新版 有機概念図」の所蔵情報が出現した。一番乗りは富山県立図書館で国会図書館より早い対応に感謝している。 所蔵図書館マップによる「新版 有機概念図」検索結果 なお，Webcat Plusにおける私の著書情報では，書籍情報は出ているものの所蔵図書館情報（大学図書館）はまだなく，どうやら年を越しそう。 Webcat Plusにおける“本間善夫”検索結果

…三題噺の最後。 ヤフー、書籍情報サイト刷新 無料立ち読みなどを拡充（日経，2008/12/17） → Yahoo!ブックス を見て早速自分の名前で検索してみた。 Yahoo!ブックスにおける著者名による検索結果例 「新版 有機概念図」の表紙画像が出ないのが残念だが，まだ利用者が少ないうちに「動く分子事典」新版と併せて2冊のユーザーレビューを書き込んだ。応援していただければ幸いです。 Yahoo!ブックス - 「新版 有機概念図」 Yahoo!ブックス - 「動く分子事典」新版

…数（log P）は，有機概念図でも推算できるので，REACH対策・学習のためにも「新版 有機概念図」をご利用いただきたい。 計算例：有機溶媒のlog P推算（原データは共著者の佐藤四郎さん） ※追記（2008/12/13）：以下の文献情報を書き忘れました。 梶本哲也，『定量的構造-活性相関（QSAR） ─ハンシュ-藤田の式を中心に─』，化学と教育，2008年11号，580-581 2006/08/25にも引用させてもらった連載「クスリの化学」（全32回）の最終回でQSARの話…

…ですか。 3DJYを有機概念図I/O値順着色，糖鎖は糖別着色し，水素結合表示 これを楽しんでもらうために，タンパク質について有機概念図簡易計算機の雰囲気を実感できるscriptを以下に示そう。select all; wireframe off; backbone off; spacefill; select asn or ser; colour atoms [255,60,120]; select asp or gln; colour atoms [255,120,160];…

…な準備や進行をやっていただき勉強になることが多かった。ゲストとファシリテーター，カフェスタッフはじめご協力くださった方々に深く感謝したい。 カフェ終了後の田んぼの生き物観察と熱心なディスカッション 話は変わるが，会場のジュンク堂書店新潟店の有機化学の書棚に行ったら，「新版 有機概念図」が入荷していた。書店に置いてあるのを見るのは，感慨ひとしおである。 「新版 有機概念図」のある風景を作成して写真掲載※第9回サイエンスカフェにいがたのゲストをお願いした佐藤健太郎さんの本と並んで

…販促中だが，「新版 有機概念図」がようやくAmazonに出たので， Amazon.co.jpの書籍情報（略歴もしっかり掲載） SPYSEEの自分情報にも掲載されていないかと確認にしたところまだだったものの，「動く分子事典」新版についての新しいブログ記事が書かれていることがわかった。なんと「新版 インターネットを使いこなそう」（岩波ジュニア新書）の著者である中村正三郎さんによる好意的なエントリーである。 ブルーバックスの気になる新刊と、CD/DVD付き書籍（ホットコーナーの舞台…

…所） ｜ 内田麻理香ブログ「カソウケンの科学どき技術どき」 ｜ T lounge blog 東京大学工学部広報室 担当者のブログ の内田麻理香さんにお会いすることができ，サイエンスカフェにいがたへのゲストをお願いさせていただきました！ サイエンスカフェにいがたポスター展示の前で あつかましく持参した「新版 有機概念図」の宣伝もさせてもらい，東大の図書館にも入れてくださるよう依頼。 その他多くの収穫があり，新潟に戻ったら報告ページで紹介します。 今日はいよいよ分子イベントです。

新版有機概念図−基礎と応用（三共出版） 私のサイトのほか，先ほど書いたネット書店にもリンクされています。

セブンアンドワイ - 本 - 有機概念図 新版−基礎と応用 Amazon.co.jp: 有機概念図 基礎と応用 今日は明後日の分子イベントの最終準備。以下はその資料から。

…楽しみ一緒に考えてみたいと思います。 冒頭のWebページでは，アゴラ終了後も資料等を追加する予定ですので，分子となかよくなるために引き続きご覧いただければ幸いです。（文責：分子計算と視覚化研究会幹事 本間善夫） 私の発表用資料作成も追い込み。昨日書いたタネ本からも画像を作成し，有機概念図の有用性を訴える機会にしたいと奮闘中というところ。 イベントで使用予定の資料より：医薬品から三大栄養素まで（「新版 有機概念図」，p.198図3.53およびp.133図3.19に着色したもの）

…・本間善夫，「新版 有機概念図 基礎と応用」，三共出版(2008) が刷り上がり，本日届きました。 書店に出回るのは12月10日頃ということですのでもうしばらくお待ちください。 出版社に無理を言って， 分子計算と視覚化研究会「分子の世界をアートとエコロジーから見る」 に間に合わせていただいたことにはとても感謝しているところです。 ところで，見本本ということでは「動く分子事典」第1版の見本が手元に届いた直後に北大の学会に出張し，札幌で初めて書店に平積みされていたのを見て感激した…

ふとしたことで今日が， 世界糖尿病デー だと知る。 糖尿病と言えば，2008/03/07に書いたように高校生向けのイベントに分子画像提供で関わり，作成された映像作品を送ってもらったことを思い出す。 それで今日は，糖尿病治療薬関連のアニメを作成してみた。これも有機概念図広報の一環である。 糖尿病治療薬トログリタゾン（インスリン抵抗性改善）を含むPDBsumデータ例2vn0より

…/11/06に記した有機概念図計算Excel計算シート新版*1の講義での初利用を今日午前決行。その前に，23日にサイエンスアゴラでやる演し物である「有機概念図簡易計算機」（2008/11/02のエントリー参照）の予行演習をやり，ナフタレンやp-ジクロロベンゼンなどの防虫剤を計算対象とした。 防虫剤分子はピレスロイド系殺虫剤で参照可能※計算時に利用してもらったプリントは「動く分子事典」p.178より そしたらなんたる偶然，今日の午後某公共放送から電話があり，明朝のニュースでp-…

…10/19に書いた「有機概念図」解説本の再刊の準備が進み18日には見本本ができるという連絡が入ったので（書店に出回るのは今月末か来月になるだろうか），その経緯も学会発表で話すことを思いついて，ネットでの広報を始めることにした。Webで有機概念図について情報を発信し続けてきたことが今回の出版につながったところも少しあるので。もちろん，今回校正原稿を見ながら再認識した初版本のすごさが最大の要因ではあるけれど。 STS学会で使う予定の資料から（編集中） 以下は，昨日いくつかのMLに…

…フェリン 生物発光基質 セレンテラジン（コスモ・バイオ） 久々にPDBsumのLigand-SITE情報にセレンテラジンを含むタンパク質データを追加して作成したのが以下になります。取り囲んでいるアミノ酸の数が多く，2008/11/02に記した「有機概念図簡易計算機」でやるとスーパーボールが足りなくなりそうです。 セレンテラジンを含む発光タンパク質オベリン1el4より それにしてもノーベル賞ネタでもあるしセレンテラジンというとついセレンディピティという語を思い出してしまいます。

…て，お出でいただいたみなさんに楽しんでもらえるよう連休返上で打ち合わせに励んでいる。 例えば私の演し物については2008/10/13に記した内容を計画中で，いろいろ小道具を仕入れて今日は以下のような写真も撮影したのだが，さてこれは何でしょう*1。詳しくは11/23，お台場で！ 「有機概念図簡易計算機」って？※コップ中の青・緑・黄はすべて緑として数える（●の数と●の数は手前のシールと同じ） *1:私のWebページを隅々までご覧の方の中にはピンとくる方もいらっしゃるかも知れない。

…エントリーに掲載した有機概念図画像にもすでに点は載っていたのだが，早速目立つようにした。 無登録農薬問題（生活環境化学の部屋） ところで，有機概念図作成ツールの作成に当たっては， 甲田善生，「有機概念図 ―基礎と応用―」，三共出版(1984) をボロボロになるまで読み，プログラム作成が縁で知り合えた甲田先生から手元にもほとんど残っていないという中から2冊（第1刷と2刷）をいただくことができたのだが，Amazonで調べてみたところ，なんと古書が15,000円という価格で売りに出…

…いる複数の作業の中に有機概念図に関するものがあり，昨日は長年の懸案だった以下の画像を作成した。 “鍵と鍵穴”を親水性・疎水性から考える こちらは分子の画像をJmolのものに変更 説明コンテンツの方は後日公開する予定なので，取りあえずこの図と関連するページをご参照いただきたい。 分子と分子の相互作用 同ページには以下の画像を追加した。 コカインを含むPDBsumデータ例2pgzより（作成ページ） これは以前から載せていた以下の画像を補完するものであり，同図の作成を可能にしてくれ…

…事典」第1版ではp.143に独立項目で掲載（川端さん執筆） 参考1：フェニル水銀を含むPDBsumデータ例1czsにHgを追加して作成したアニメ※作成ページ 参考2：農薬の有機概念図上に酢酸フェニル水銀をプロット※甲田「有機概念図」p.109およびp.146〜参照 話は変わるが，明日は職場のオープンキャンパス。上のコンテンツ作成と並行で自主企画の研究室公開の準備。先着10名という難関（？）だが，意欲のある受験生に来ていただきたいと思う（10/13も実施）。 研究室内の掲示資料

…参照できるようにし，有機概念図上にもプロットした。 新規調査対象と思われる15物質の分子モデル 2008年〜新規調査予定化合物（？）の有機概念図（●は既出，●は新規） 1 エストロン（冒頭の画像），2 直鎖アルキルベンゼンスルホン酸及びその塩〔例としてドデシルベンゼンスルホン酸ナトリウム〕，3 2,4,6-トリブロモフェノール，4 2,4-トルエンジアミン，5 o-ジクロロベンゼン，6 p-ジクロロベンゼン，7 N,N'-ジメチルホルムアミド，8 ヒドラジン，9 ペルフルオロ…

…年会での発表向けに，有機概念図の有機性（O）・無機性（I）の比I／Oの大小順によるもので，つい数日前に付け加えた機能である。 この有機概念図については，2008/09/07に記したようにサイエンスアゴラ2008（2008/11/22-24，国際研究交流大学村）でもグループで行う企画の中で取り上げる予定なのだが，一昨日その企画の実施日と会場が決まったという連絡が事務局から届いた。今年は昨年より広い会場で，力が入る。もちろん食の問題にも触れるつもりである。 分子の世界をアートとエ…

…ス） そこで紹介する有機概念図に関係する別の作業に一昨日まで追われ，昨日と今日でようやくデータ集で残っていた計算の大部分を済ませ，目鼻を付けることができた。 本ブログでも再三取り上げているが，同ページには教材になるGIF動画も多数掲載している。今日はその中から，スクロースとトレハロースそれぞれのSITE例を紹介しよう。 スクロースを含むPDBsumデータ1jgiより トレハロースを含むPDBsumデータ2b1qより 同じC12H22O11という二糖（他にもセロビオースなど；例…

…ら見る（仮題） ※実施日未定 今回は有機概念図をアートと考えて話す予定※画像は熊薬ミュージアム-熊本大学薬学部宮本記念館より（有機概念図パネル参照） 以上，ご案内させていただきました。 ★ いま必要なのは分析よりも実践だ!! ★ *1:同学会が編集した下記事典の言及エントリー（2005/01/09）に記した山崎 昶さんには，2008/10/25の第15回サイエンスカフェにいがたのゲストとしてお越しいただく予定です。 ・形の科学会 編，「形の科学百科事典」，朝倉書店(2004)

…Br)=C(Br)C(Br)=C2BrAverage logP: 9.98(+-1.5) さらに有機概念図計算シートでlog Pを推算したところ，ほぼ同様の値が得られた。 新規化合物のリストアップなど，国内外の化学物質規制情報の動向に目が離せない状況だが，上述のようなデータ集やツールを用いて統括的に理解してもらうことが不可欠になっている。 そしてそれは冒頭のメールマガジン発行元のサイトに，以下のように書かれていることからも言えることと考えている。 化学物質国際対応ネットワーク

…ミノ酸記号を取得し，有機概念図の有機性・無機性の加算をしていけばよいだけの話である。文字列の扱いなどは昔取り組んだN88BASICを思い出しながらの作業であった。 今回作成の秀丸マクロで処理したPDBsumデータ例（上掲1btcのSITE部分）※冒頭2行に有機性・無機性値，■が検索対象の窒素 次に分子と分子の相互作用を“水”と“油”で考えるための純国産ツールの有機概念図ともN88BASIC時代からExcelを経てつきあって来たよしみがある。すべての化学物質を1つの図に示そうと…