しばらく前に頼んでおいた本が先日届いた。 この中で， 平山令明，「分子レベルで見た薬の働き 第2版」，講談社ブルーバックス(2009) は薬とタンパク質の鍵と鍵穴の関係例が最新事例を含めて多数画像で紹介されており，該当のPDBコード番号も記載されている…

しばらく前に以下のサイトの存在を知った。名前の通り，WikipediaのPDB版とも言えるもので，PDB IDを入れれば（現在 56,000 件以上），Jmol形式のモデルやPubMed情報などが表示される。キーワード検索もできるので生体分子の学習に便利である。 Proteopedia …

最近Jmolで見るトピックス分子に載せたニュースから。 アラキドン酸が神経新生促進と精神疾患予防に役立つ可能性を発見（JST，2009/04/08） *1 ※大隅典子教授らによる アラキドン酸：卵・海藻含有の栄養素、心の病予防効果？ 東北大など、動物で発見（毎日，…

昨日は生体分子関連のニュースが多く，日課のバイオ関連トピックスへの情報掲載に半日かかってしまった。 自閉症の原因因子の一つ「Shank」のシナプスでの機能を解明 −ShankとHomerの２つのタンパク質の網目構造が、正常シナプスの骨格を形作る−（理研，2009…

3月23日に2008年ノーベル化学賞を受賞された下村脩さんの記念講演会「天の導くままに ―発光生物と半世紀」が東京であり，朝日新聞の抽選にははずれたが日本化学会の方には当たったので，別ブログに記した3月20日開催のフォーラム参加からそのまま東京に居残…

本ブログでも内分泌攪乱物質（環境ホルモン）問題の象徴的存在としてビスフェノールA（BPA）を再三取り上げているが，RCSB PDBの2009/03/17付け新規公開データの中に，ビスフェノールZを含む構造データがあったので，早速以下のページに追加掲載した。同じ研…

書き込みが遅くなったが，3月13日はWebが20歳になった記念日だったとのこと。 WWWの二十歳の誕生日（５号館のつぶやき，） 発信箱：WWWの20年＝元村有希子（毎日新聞，2009/03/07） Happy 20th Birthday, World Wide Web（Scientific American） 地球上に生…

2009/02/04に記したようにPDBjで先月から同時和訳を開始してくれた今月の分子，2月のダーウィンの話題に続く今回は一転最先端の燃料電池にも関係するタンパク質の話題。2009/01/05ほかに記した光合成で生じる電子や正孔，今回のヒドロゲナーゼ内で生成する水…

2009/02/25以降取り組み始めたタンパク質のClefts情報，日本語でもクレフトで定着していることにようやく気付く。これまでCASTp情報にこだわっていたこともあるが，この辺が独学の切なさというところ。 Googleによる“タンパク質 クレフト”検索結果 クレフト…

一昨日放映の番組，3月9日にも再放送される予定なのでご案内させていただきます。同番組ページには出演者やスタッフの撮影後の後日談が掲載されるのでそれもお勧めである。 爆笑問題のニッポンの教養 | FILE064:「こころは水で作られる！？」 | 中田力（NHK…

福岡さんの著書にたびたび出てくる“動的平衡”“動的平衡”に触発されて作成した右のアニメ画像も掲載は3回目になる。その動的平衡をタイトルにした本を読み終えた。 福岡伸一，「動的平衡 生命はなぜそこに宿るのか」，p.115，木楽舎(2009) 参考（著者ブログ記…

一昨日の記事を書いた後，夜中にシアル酸のデータを作らなかったことに気付いて昨日データ作成し，画像も差し替えた。 鳥インフルエンザ＆新型インフルエンザ情報 参考：Googleによる“シアル酸 インフルエンザ”検索結果 Ligand-SITE情報データにCleftsデータ…

昨日記したPDBsumサイトで参照できるClefts情報（Binding-site(s)およびBinding-surface(s)），参照できる4種類のデータのうち，Binding-surface(s) - residue typeデータが，これまでのPDBsumのLigand-SITE情報のデータにドッキングするだけでおもしろい表…

今日はオバマ大統領初の議会演説もあったので， 分子で見る国際問題と海外ニュース に載せるネタを探していたら10日ほど前に以下のようなニュースがあった。 オバマ政権が新脅威概念 「環境安全保障」打ち出す（47NEWS，2009/02/13） SARSウイルス発見前後の…

Jmolで見るトピックス分子 に珍しくニュースを2件追加。 国産インフルエンザ新薬、投入目前 3社が開発競争（産経，2009/02/23） ※CS-8958，ペラミビル，T-705 ペラミビル，T-705は既存でCS-8958分子のみ次を参考に新規組立て（上図）：New influenza antivir…

別ブログが大学教員によるブログ活用例として以下に収録され，そちらとの連携も今後一層必要になると考えている。 教育ソリューション：授業で使うはてな 2009/02/09に記した新コンテンツ， 分子で見る国際問題と海外ニュース も重要な役割を担うことになる…

思わぬ単語がニュースに登場。どちらもこども達への影響が懸念される。 薬効かぬアタマジラミ急増 ２年で倍、全体の１割超に（朝日，2009/02/16） 梅毒：患者急増…20〜24歳女性は4年で3倍超（毎日，2009/02/17） 前者については2009/02/12に記したダーウィン…

RCSB PDBの最新ニュースは教育ネタ特集で，本ブログでもよく取り上げるグッドセルさんのポスターの絵柄が入っている。 RCSB PDB Newsletter | Tools for Education（2009/02/10） その記事の中にあったFlash教材は海生生物から得られている有用な生体分子の…

今日はダーウィンの200回目の誕生日です。2008/03/30には科博で開かれていたダーウィン展*1を見に行ったことを記したが，今日は読み終えたばかりの以下の本からヒントを得て。 栃内 新，「進化から見た病気 「ダーウィン医学」のすすめ」，講談社ブルーバッ…

と言ってもインフルエンザに罹ったわけではありません。休日なのに水曜なのでRCSB PDBの定期チェックをしたのが運の尽き。今日もインフルエンザウイルスのデータがあって，調べてコンテンツを作成しているうちに暗くなってしまったのです（他にもメチル化DNA…

朝一番のニュースチェックで。キーワードはキャップスナッチング（cap-snatching）です。 インフル：増殖酵素の構造解明 仏チーム、万能薬に道（毎日，2009/02/05） 昨日のRCSB PDBの最新データチェックでピックアップしておいた中に該当構造データがありま…

水曜日恒例のRCSB PDBの今週の新規データと月初めに出る， Molecule of the Month の定期チェックをしていて突然気付いたのが，上記ページの日本語版がPDBjから広報されるようになっていたこと。昨年4月からやっていたようで誰も教えてくれなかったのが悲し…

耐性ウイルスやパンデミックに対する備えや数年後の登場が期待される万能ワクチンの話題を含め，タミフルとリレンザの名前が登場するニュースが後を絶たない。 Googleによる“タミフル リレンザ”ニュース検索結果 2008/07/06にも記したように両者ともノイラミ…

ここ数日来今進めている仕事のために久々にJmolスクリプトと格闘（コンテンツとしては非公開）。これでいいはずなのに目的の表示ができないことが多々あってすっかり頭の体操状態である。 その最中にも最近のニュースに気配りし，今日は以下の雑誌記事に刺激…

立ち読みして関心のある記事のある雑誌だけ買うようにしているのだが先月・今月は収穫大。※印は掲載したコンテンツ。 日経サイエンス，2009年2月号 特集『エイズウイルスへの挑戦』 ※HIVとエイズ 化学，2009年2月号，化学同人 中村 運，『微生物の薬剤耐性と…

ニュースにアシネトバクター菌という耳慣れない名前が。 多剤耐性菌に23人が院内感染 ４人死亡、福岡大病院（47NEWS，2009/01/23） 参考：医療施設に広がる新たな脅威、薬剤耐性菌「アシネトバクター・バウマニ」 ギリシャ研究機関（AFPBB News，2008/11/18…

昨年末に発刊された， 甲田善生・佐藤四郎・本間善夫，「新版 有機概念図 基礎と応用」，三共出版(2008) が公立図書館に続いて大学図書館に入り始めた。税込み4200円ということで個人よりも図書館や研究室が頼み。 所蔵図書館マップ※参考：Webcat Plus情報 …

大型放射光施設スプリング８による高等生物内巨大タンパク質ボルトの構造決定の成功について（プレスリリース）（SPring-8，2009/01/16） ネット記事例：最大のたんぱく質の構造解明 感染症・がん新薬に期待（朝日，2009/01/16） プレスリリースには“ラグビ…

本日のRCSB PDB新規データチェックでコンテンツに加えたものから。PDBデータはα炭素だけだが5角形の風車のような構造の表示をいろいろ変えてお楽しみいただきたい。 バクテリオファージT4の分子モーター3ezk→ データ掲載ページ 参考ページ例 T4ファージのgp5…

ちょっとタイトルに凝ってみました。このブログの愛読者やバイオデータベースにお詳しい方は解読可能かと思いますがいかがでしょう。きっかけは今日出されたデータ。 Molecule of the Month（PDB，2009/01），Tobacco Mosaic Virus（タバコモザイクウイルス…