生体分子
生体分子の立体構造を見る際に気をつけなければならないのが，PDBデータの多くには水素原子が含まれていないこと*1。その場合，水素結合にも水素が登場しないことになるし，以下のような「結合の手の数」や「“く”の字」の話も想像で補うしかない。 結合の手…
2008/07/15に記した「分子のかたち展」の様子が気になっているが，昨日開かれたはずの， 第33回サイエンス・カフェ札幌「描き、つくる「分子のかたち」〜科学とアートが出会うとき〜」（CoSTEP） の報告を探したところ，以下のブログ記事があった。偶然だっ…
PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性 に標題のような内容を追加し，同コンテンツの利用方法をよりわかりやすくした。身近な分子についてデータの追加作業を継続していることと合わせて，生体分子のおもしろさをさらに理解してもらえるようになったと思…
遠く札幌の地でいよいよ今日から始まっているはずです。 北大総合博物館2008年夏の企画展「分子のかたち ─サイエンス×アート」（2008/07/15-09/28） 昨夜も主催者のKさんから追い込み中というメールが届きましたが，初日の出足はどうだったでしょうか。 分子…
昨日公表されたRCSB PDBの今週の新規登録データの中にエボラ出血熱関連の興味深いデータがあり，自作コンテンツに追加したバカにだったのだが，その時点で未発刊だった文献が今日になって公開された。 Cover Story: エボラウイルスの構造：ヒト生存者由来の…
3日後に迫った， 第12回サイエンスカフェにいがた「ニセ科学を見破る！ −“健康”をめぐるニセ科学の見方・考え方−」 の記事掲載を地元各紙を依頼しておいたところ，今日の産経新聞新潟版の告知板という情報コーナーに載せてもらうことができた。2008/04/16に…
有機化学美術館館長の佐藤さんが今年の1月から配信を始めたメルマガ有機化学の最新号記事に触発されてこの2日ほど関連コンテンツ作成に追われてしまった。 メルマガ有機化学 2008年第22号 タミフル耐性インフルエンザについては本ブログでも，何回か記したが…
帰りの車の中で聞いたニュースからその後のテレビのニュースで盛んにマラカイトグリーン（malachite green，塩基性染料 C.I. Basic Green 4）の名前が登場し。 ウナギ偽装：回収品から禁止抗菌剤（毎日，2008/07/03） 以前の事例から：中国産養殖鰻のマラカ…
昨日から7月。15日から本番が始まるイベントの案内が会場のサイトにも数日前に掲載された。 北海道大学総合博物館 北大総合博物館2008年夏の企画展「分子のかたち ─サイエンス×アート」 アーティストの作品も出揃ったはずで，展示を見に行くのが楽しみである…
一昨日のカフェと交流会（結局18名参加で盛大でした！）の報告ページを昨日作成。 第11回サイエンスカフェにいがたの報告（交流会の写真は参加者にのみ公開） その後，録画しておいた以下の番組（28日の再放送）をチェック。 サイエンスZERO「ZEROスペシャル…
今日の講義， 講義用トピック（2008年度前期） Googleによる“繊維 分子間力 染料 OR 汚れ”の検索結果 → 染料の種類（生活環境化学の部屋） の説明のために急遽作成したJmol版データから作成した画像例。 C.I.Basic Blue 9（メチレンブルー）を含むPDBsumデー…
引き続きGoogleマップからGoogle Earthへのデータ移植を利用した作業。 大きな地図で見る※Googleマップ上に作成した阿賀野川でたどる新潟水俣病（「 Google Earth で表示」のクリックでGoogle Earthへ） 同マップのGoogle Earthによる表示画像（画像クリック…
今朝の岩手・宮城内陸地震でまた多くの尊い命が失われ，テレビに映される地形の変化に自然の力の大きさを思い知らされる*1。 ニュースを見ながら，今日宅急便で届いた本と書店で手に入れた本を拾い読みしつつ一日が過ぎてしまった。 ピーター・タラック 著，…
2007/12/02に記したデータベースが正式公開された。 ライフサイエンス統合データベースプロジェクト LSDB 文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」のサービス公開について（DBCLS，2008/05/28） 参考（関係者のブログ記事）：「統合ホー…
日本コンピュータ化学会2008春季年会の要旨がPDFで読めるようになり，2008/05/25に記した学会賞受賞の講演要旨も公開された。 学会賞受賞講演「インターネットを利用して分子を学んでもらう試み」[PDF]※参考：学会参加記録 同学会は春・秋の2回年会が開かれ…
ワークショップ・アーカイブス（分子のかたち wiki） 5月31日：本間善夫（Webサイト生活環境化学の部屋主宰）「分子から生命へ - 生体高分子のお話し」 「北大総合博物館 分子のかたち展」参加の記録 参加者は前回より少なかったが，幅広く中身の濃い話がで…
３カ月ほど前に何気なくインストールしておいたブラウザのWin版Safari， を今朝何気なく起動して見ていたら，なんとChime版コンテンツが見れるではないですか！ Chime以外にもインストールされている“プラグイン”（MSのお陰で死語となりつつある…）がなかな…
多くのこども達にも犠牲者が出た中国の地震，連日気になるニュースが届けれらるがその中に「ガス壊疽」（gas gangrene）という初めて聞く感染症の問題が。 ガス壊疽発症3万5千人 感染症の流行懸念 四川大地震（朝日，2008/05/28） 参考：Googleによる“ガス壊…
2008/04/08ほかに書いたように， 日本コンピュータ化学会2008春季年会（2008/05/22-23，東京工業大学大岡山キャンパス） 参加記録：日本コンピュータ化学会年会2008春季年会に参加して で同学会の学会賞をいただくことができた。 本当に予想外の受賞だったが…
新型インフルエンザへの対策と言えばまずはタミフル備蓄。 ニュース例：タミフル、使用期限の延長求める・備蓄維持へ中外製薬（日経，2008/04/17） その作用機序は，以下の図で示されます。 GS4071（オセルタミビル〔タミフル〕が血液・肝臓中で変化）を含む…
4日前に， こども達への化学物質の影響に関する研究の最新情報（2008/05/11） を書いたばかりのところに国立医薬品食品衛生研究所による研究成果を伝える以下のニュース。 ビスフェノールA：基準以下でも胎児に影響（毎日，2008/05/14） 本ブログでの“ビスフ…
ロドプシンのPDBデータをいろいろチェックしていて，見落としていたことに気付いたのが右のアニメ画像のメタロドプシンII構造例1ln6。 以下の資料を見てわかるようにバクテリオロドプシンはさておき，all-trans -レチナールが入ったロドプシンのデータはなか…
昨日のエントリーの本と一緒に買ってきたのが以下の本。3月号なので今まで見落としていたことになる。 Biophilia，2008年3月(春)号（特集：「環境遺伝子」研究の最前線 ─環境汚染と健康、人類の未来は大丈夫？─），丸善 木村博承，『化学物質の内分泌かく乱…
ビールでぬか漬けもどき・補足（KASOKEN satellite，2008/04/25） を目にして読まなくてはと思っていたマンガ，今日になって大ニュース。ブログ著者の内田さんの選球眼である。 第12回手塚治虫文化賞 マンガ大賞に「もやしもん」（朝日，2007/05/10） 石川雅…
昨日に続いてRCSB PDB収録のデータの話題。一昨日公開のデータの中で目に付いたのが二本鎖RNAを含むデータで，以下に [NEW!] の印をつけて転載した。 DNAとRNAのいろいろな姿 その中でも二本鎖RNA（dsRNA）とトール様受容体TLR3の複合体3ciyは下とトップのア…
今日公開された101回目のPDB今月の分子は， Molecule of the Month - Prions（PDB，2008/05） 参考（ニュースレターにはイラストを描いているGoodsell氏の記事）：RCSB PDB Newsletter | Spring 2008 と，つい先日のエントリー， BSEとプリオンの話題＆本ブ…
2008/03/30に記したダーウィン展の影響だろうか，先ほども， 熱血！天才アカデミー 世界をひっくり返した男ダーウィンの進化論（NHK総合TV，2008/05/06・19:30〜） が放映されていた。例えば展示されていた多彩な脊椎動物の骨格標本*1を見比べて，なんでその…
椎間板ヘルニアの新たな原因遺伝子「THBS2」と「MMP9」を発見 - 腰痛、坐骨神経痛の病因解明に向けての新たな一歩 -（理研，2008/05/02） 椎間板ヘルニアの遺伝子2種発見＝特定タイプだと発症率3倍−理研など（時事通信，2008/05/02） 椎間板ヘルニアの原因遺…
RCSB PDBにアメリカでは生体分子がアートとして定着していることを改めて教えてくれるニュース。 Princeton High School Wins New Jersey Science Olympiad Protein Modeling State Finals（2008/04/29） Protein Modeling: NJ Science Olympiad Trial Event…
今朝， ALS：新たな原因遺伝子、新潟大などが発見（毎日，2008/04/29） というニュースで記事中のTDP43をRCSB PDBやPDBsumで検索しても見つからず， Googleによる“PDB TDP43”検索結果 を見たらトップの2件が自分のもので*1，以下に画像も掲載されていた。 ア…
