分子の面白さ

サイエンスアゴラ2007その後

先ほど別ブログ記事に書いたように本日, 「分子計算と視覚化研究会」はmixiから始まった(サイエンスアゴラ,2007/12/10) が掲載された。 ここにもあるように,その後もイベントメンバーから資料をいただくなどして参加記録等に追加している。当日の資料も…

母校にリンクを飾る

“故郷に錦”ならぬ“母校にリンク”という話。 先月,出身大学の山形大学工学部の先生から研究室のWebページで拙作サイトにリンクしたいというメールが舞い込んだ。私が卒業生とは知らなかったようでそのことも書いて了解の返信したら学生にも話せると喜んでく…

セルロースのIR測定と分子振動(Jmol化の積み残し)

時々お世話になるブログの記事, 離れたいときもある。(科学技術のアネクドート,2007/06/01) にコメントを付けたのだが,セロハンテープの本体は合成プラスチックではなく天然のセルロースをテープ状にした再生高分子であるという話題。 身近なものが何で…

分子の形を世に問う

一昨日届いたメールマガジン, ACADEMIC RESOURCE GUIDE No.272(2007-03-06発行) の編集日誌記事『卒業論文の秀作を大学サイトで紹介』(ブログ版)で, ユニーク卒論2006−文・社会・法学部 編(関西学院大学) ※経済・理工・総合政策学部 編 が紹介され,…

Javaという仕組みの有り難さ

右は,Jmol版「分子の学習帳」のコンテンツでJavaアプレットを読み込み・動作中に表示される画像(実際はアニメーション;環境によっては表示されない可能性も)。Javaは, Java言語 - Wikipedia に,“プラットフォームに依存しない”とあるようにパソコンの…

新しく見つけた国内外の化学・生命科学関連ブログ

2006/06/24に書いたmixiコミュニティ「アカデミックWeb2.0」に書いたトピック記事から。 海外のアカデミックなブログを,Technoratiで探すことを思いつき,“Protein PDB”や“Jmol”などのキーワードで試したら,さすがに世界共通語なので中国のものなど英語以…

プロスタグランジン分子データ集&苦渋の選択

理科と教育のメーリングリストへの投稿を書き直して。 2006/05/10に紹介した, 上村大輔・袖岡幹子,「現代化学への入門(15) 生命科学への展開」,岩波書店(2006) の6章『医薬の化学―生体内で活躍する低分子化合物と医薬』のpp.197-208ではプロスタグランジ…

生命科学と化学の蜜月

あちこちに書いていることだが, 高等学校学習指導要領/理科 を見てもわかるように,高校化学分野でも生命科学分野の内容を扱う割合が高まっている。 黒田玲子,『科学技術政策と化学』,化学と工業,2005年4号 の文末でもその重要性が語られていた。 そん…

「生命元素事典」を楽しむ

昨日ネット書店から届いた新刊, 桜井弘 編,「生命元素事典」,オーム社(2006) …bk1情報 を読み始め,分子コンテンツ新作に向けていろいろ思いをめぐらせている。同じ編者による, 「元素111の新知識」,講談社ブルーバックス …bk1情報,2005/10/01にも言及…

抗生物質分子データ集(できたてJmolコンテンツ)

その誕生時には夢の薬と考えられていた抗生物質も,“耐性菌”という言葉(あるいは存在)と表裏一体になるなど,その位置付けを明確にする必要に迫られているように感じている。それにしても抗生物質関連の自作コンテンツへのアクセス状況を見ていると(それ…

チオール入りワイン

今日は4月1日。この日のために,以下の記事で読んだワインを仕入れておいて,晩飯に飲んでみたが(右が証拠写真;ボトルは空です),未熟者でチオールの香りはわからなかった。 甲州ぶどう ワイン、香りのもと測りつつ(朝日be,2006/03/05) ワインの香り分…

牛の首でもとったような…

今日も会議やら,卒業生の就職に絡む連絡メール・電話・FAXやらに忙殺されて不完全燃焼。そんな欲求不満の中で作ったのが右のアニメ。 詳しくは以下でどうぞ。 発見から50年、酸素添加酵素「ジオキシゲナーゼ」の反応機構が明らかに - 日本人が発見した「ジ…

PowerPointで分子が動く!!

今日届いたマルマガに記載されていた催し物情報, NPO Science Communication News,No123 科学技術コミュニケーター若手交流会(東京都文京区本郷・東京大学山上会館,2006/02/18開催) の詳細をアナウンスしてくれている学生さんのブログの中に以下の記事…

オンライン百科事典「Weblio:ウェブリオ」あれこれ

別ブログにも書いたように,「Weblio:ウェブリオ」をいろいろ試している(右画像は同サイトの酢酸より;分子表示はChemis3D利用)。 [本間]オンライン百科事典「Weblio:ウェブリオ」を見て(新潟県短ブログ,2006/02/12) 因みに拙作コンテンツや著書との繋…

理科ねっとわーくのデジタル教材「神経とホルモン」

すでに教員向けには公開されていたコンテンツが他の教材にかなり遅れて年末ぎりぎりに一般公開。この中のいくつかの分子モデルの座標を提供したので,ちょっと覗いて見て欲しい(リストに“分子模型(MOL)”とあるもの;クレジットに一応名前が載っている)。…

「今週の分子」100回到達!(ノーベル化学賞関連でカテナン)

2005/10/05に速報した2005年ノーベル化学賞,その授賞対象となったメタセシス(metathesis)反応関連ということでちょうど連載100回目となった「今週の分子」でカテナンの例を取り上げた。 “知恵の輪”分子カテナンの例(2005年ノーベル化学賞に関連して) ……

ブログで見る周期表

「カソウケン(家庭科学総合研究所)へようこそ」,講談社 …bk1情報 参考:著者に会いたい カソウケン(家庭科学総合研究所)へようこそ 内田麻理香さん(朝日,2005/03/27) の著者である内田さんはブログ, KASOKEN satellite も運営されていて,この度は…

カプサイシンとカプシエイト

今朝のテレビ, がっちりマンデー「味の素」(TBS,2005/08/28) でプラセボ剤に使われたことからタナボタ式に開発に至った快眠アミノ酸グリシンの話に続いて,辛くない唐辛子の成分カプシエイトの脂肪燃焼効果に着目した製品開発に向けた話。本来の唐辛子の…

理科教室にChime利用の原稿

先日出たばかりの, 「理科教室」2005年6月号,星の環会(特集:化学教育のいま ) に載った原稿を手直しし,出版社の了解を得て転載。 分子モデル可視化ツールChimeを使った化学教育 これを参考に,Chimeを使ったコンテンツが増えてほしい。 Netscape復活の…

日化辞Webと分子への愛着

収録件数約200万件の日本語版化合物データベースがオープン。キーワード検索,構造検索(右画像が構造作図中の例)が可能。Chime(詳細はこちら)で参照できるMDL分子データもダウンロードできるが3次元化はされていないのでご注意を。 日化辞Web ところが,…

国立科学博物館で分子と遊ぼう!!

5日前に予告した, 国立科学博物館B3F「宇宙・物質・法則」展示(17) の拙作データ利用状況と,同館の展示をより楽しく利用するための連携コンテンツをようやく公開。 国立科学博物館で分子と遊ぼう!! ここに書いたように,展示では10種類の元素の組み合わせ…

国立科学博物館でスーと分子に対面

明日から化学会で横浜着。ホテルはネットが使えるので少しだけ書き込み。 上野に寄って, 恐竜博2005 で話題のスーと対面。他の恐竜や同館常設展示の生物群を見て,あらゆる形,あらゆる機能を試しているような過剰さに圧倒される。その中の多くの腫を絶滅さ…

衣食足りて…(セルロースとグルコース)

草や木を支えているのはセルロースというブドウ糖が長くつながった分子で紙や綿・麻繊維の主成分でもある。草食動物はおなかの中の微生物の力を借りて消化できるのに,人間はそうはいかない。ところがちょっと形が違うブドウ糖がつながったアミロース(デン…

モノはなぜ見える

人間にとって大事な視覚情報の受容器もタンパク質。アニメーションがその例のロドプシンで(PDBデータ1F88のChain A),αらせん型の部分が細胞膜を貫通しているタイプのタンパク質で,嗅覚・味覚も似たような仕組みになっている。タンパク質の中央にある折れ…

「フードプラネット」に見る食う食われるの闘い

録画しておいた渦中のフジテレビの番組, 地球45億年の奇跡II フードプラネット 食べる惑星 〜みんな地球を食べて生きてきた〜(2005/02/21-24放映) の『第3夜:食ったり食われたり 闘うフードプラネットの真実』を夕食時に見る。北野武さんが例によってか…

融けるセルロース!?(水素結合のコントロール)

PETボトルをガスコンロやガスバーナーの火に近づけると(火事と火傷に注意!),融けて変形します。この性質を利用して細長い繊維にしたのがポリエステル繊維です。 高校生のための物質科学実験教室/ペットボトルのリサイクル!(静岡理工科大学) では,木…

性ホルモンの不思議

生物は有性生殖という手段を編み出して,遺伝子のシャッフルによる進化を加速させると同時に“死”を獲得してしまったと言われる。 その性の分化を決定するのが性ホルモンで,代表的な男性ホルモンとしてテストステロン,女性ホルモンとして17β-エストラジオー…

ネットのパラパラ漫画

初めてアニメgifを見たのは,昔のある公的機関のサイトで,データはgifなのにどうして動いているのかと驚いたのを憶えている。カラー画像が魅力の一つのWebページに,動きが加わればさらに表現力は高まる。 あれこれ調べて作成に必要なツールも集めて時々思…

分子・生体分子の系譜(4)/「分子の牧場」のこと

画像は,2001年秋に作成された広島大学理学部化学科紹介のパンフレット(高校生,一般市民に配布;CD-ROM付きという豪華版)の表紙。2005/01/10に書いた分子振動データ集のデータも載せることになったとのメールが吉田先生から届き,進行状況などを教えても…

分子・生体分子の系譜(3)/MOLDAで組立てたタンパク質

製品版MOLDA QuLiSを別にして(体験版あり),フリーのMOLDA for Windowsの最新版はversion 6.5 revision 2.0,MOLDA for JavaではMOLDA for Protein Modeling 1.0となっており,吉田先生の手による今後の更なるバージョンアップが望めなくなったのは本当に…